超滤系统目前基本上都是采用错流过滤方式，既在泵的推动下料液平行于膜面流动，与死端过滤不同的是料液流经膜面时产生的剪切力把膜面上滞留的颗粒带走，从而使污染层保持在一个较薄的水平。
只要料液中有不透过膜孔的物质，特别是在膜表面容易附着的物质就会导致膜表面的污染物的累积造成膜污染，导致通量下降，造成膜压差的增大。在膜污染的几种类型中（沉淀污染、微生物污染、胶体污染等），微生物污染具有其特殊性，是困拢膜系统使用的主要问题之一。
微生物附着在超滤膜表面，将以膜为载体借助原水中的营养物而繁殖生长，在温热的条件下，微生物的生长更是迅速，几天之内便可在膜表面形成生物膜，导致超滤系统进出水间压差迅速增大，产水量快速下降。
因此需要加入一定的杀菌剂进行杀菌处理，以抑制菌体的生长
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