日本婴幼儿在哺乳期时普遍接种过百日咳疫苗，但日本厚生劳动省的一项调查显示，到小学高年级后，近半数孩子体内的百日咳疫苗会失效。
专家指出，这是由于日本百日咳感染者人数减少，缺乏足够病菌接触来维持人体相关的免疫机能。
根据日本原有的定期接种计划，针对百日咳、破伤风与白喉三种疾病的混合疫苗，应在孩子出生３个月到７岁半之间分四次接种，据认为，孩子由此将终生对百日咳免疫。
然而，２００７年，百日咳在日本大学生中再次流行起来。此后，厚生劳动省专家以２６６名１１岁至１２岁的小学高年级学生为对象，调查了他们体内百日咳抗体量，结果发现４６％的人体内抗体量很低，不能预防百日咳，也就是说，他们体内的疫苗已失效。
日本北里大学教授中山哲夫说，如果对百日咳没有免疫能力的人持续增多，可能增加婴儿在接种疫苗前感染百日咳的风险。
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