一、简介:
SSR简单序列重复标记(Simple sequence repeat, 简称SSR标记),也叫微卫星序列重复,是由一类由几个核苷酸(1-5个)为重复单位组成的长达几十个核苷酸的重复序列,长度较短,广泛分布在染色体上。由于重复单位的次数的不同或重复程度的不完全相同,造成了SSR长度的高度变异性,由此而产生SSR标记或SSLP标记。虽然SSR在基因组上的位置不尽相同,但是其两端序列多是保守的单拷贝序列,因此可以用微卫星区域特定顺序设计成对引物,通过PCR技术,经聚丙烯酰胺凝胶电泳,即可显示SSR位点在不同个体间的多态性。
优点:
(1)标记数量丰富,具有较多的等位变异,广泛分布于各条染色体上;
(2)是共显性标记,呈孟德尔遗传;
(3)技术重复性好,易于操作,结果可靠。
缺点:
开发此类标记需要预先得知标记两端的序列信息,而且引物合成费用较高。
二、操作程序:
取叶片→磨样→提取DNA→PCR扩增→电泳检测→染色→读带标记。
1、DNA提取
按照Doyle和Dickson(1987)CTAB法(`Cetyl triethyl ammonium bromide)并略加改进的程序进行,具体步骤如下:
① 成熟期取叶片加液氮研磨成粉末状,转入1.5ml离心管中,-20℃冰箱保存;
② 加入600μl 65℃的2×CTAB混匀并置于65℃水浴中保温30-60分钟;
③ 取出,冷却,上下摇匀后,加入600微升24:1的氯仿异戊醇;
④ 12000转/分钟离心10分钟,取上清液于另一个1.5ml的离心管中;
⑤ 加异丙醇,12000转/分钟离心10分钟,倒掉上清液;
⑥ 干后用100%的洒精清洗,干后加适量TE。