AFM扫描式：
因为其结构相对简单，所以也就更加稳定，
其分辨率自然也就比针尖扫描式的更高一些。
其缺点就是由于样品腔的限制，只能容纳一定尺寸的样品，
另外样品扫描器负载的限制，不能扫描太重的样品，
所以对于一些大样品也就无能为力了。
样品扫描式的扫描器一般都可以更换，可以根据不同的需要选择不同的扫描器。针尖扫描式的扫描器一般都是固定在扫描头上的，无法更换扫描器。
针式扫描式：
结构要较样品扫描式的复杂一些，因为针尖在扫描的同时，还需要一个专门的针尖跟踪系统，让激光跟随针尖运动，
使激光始终照射到悬臂上。这个跟踪系统是存在一定误差的。
所以其分辨能力会受到一定的影响。
因为采用针尖扫描的方式，样品固定不动，所以可以突破样品大小和重量的限制，有些型号的仪器可做到对样品尺寸无限制。所以针尖扫描式的AFM也被称为大样品AFM。
正因为针尖扫描式的AFM主要为大样品设计，所以其扫描器的扫描范围都比较大，这也使其分辨能力受到了一定的影响。
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