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生物亲和色谱仪是利用生物大分子和固定相表面存在某种特异性亲和力进行选择性分离的。通常在载体（无机和有机填料）表面键合一种具有一般反应性能的间隔臂（如环氧和联氨等），再连接上配基（酶、抗原和激素等）。这种固载化的配基将只能和具有亲和力特性吸附的生物大分子相互作用而被保留，没有这种作用的分子不被保留。生物亲和色谱仪主要用于蛋白质和生物活性物质的分离。
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