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等电聚焦电泳色谱仪载体两性电解质pH梯度的介质是两性分子，在电场中迁移到自己的等电点后自然形成pH梯度。
蛋白质的等电点取决于其氨基酸的组成。组成每一种蛋白质或多肽的氨基酸的数目和比例不同，蛋白质的等电点范围很宽。在电泳仪中加入载体两性电解质，通直流电时，载体两性电解质即形成一个由阳极到阴极逐步升高的pH梯度。蛋白质进入时，不同的蛋白质移动到与其等电点相当的pH位置上，从而使不同等电点的蛋白质得以分离。
分离对象只限于蛋白质和其它两性分子。
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