1.什么是RAD-SEQ?
RADseq(Restriction-site associated DNA
sequencing,限制性酶切位点相关的DNA测序)是通过对基因组进行酶切,并针对带有酶切位点的DNA相关片段进行测序,这项技术能够低成本的开发大量SNP标记,不受有无参考基因组和染色体倍型的限制。
2.它的应用在哪方面?
RADseq技术在动植物的群体进化研究,遗传图谱构建和QTL定位,以及全基因组关联分析上得到了广泛的应用。其优势应用是非模式物种的生态与进化研究中的SNP查找与基因分型研究。
3.RAD-seq的种类?
1) RestSeq(restriction fragment sequencing):限制性酶I酶切+连接接头+限制性酶II酶切+片段选择建库测序;
2) ezRAD:一个或多个常见酶酶切+illuminate建库Kit建库测序;
3) SLAF-seq(specific-lo­cus amplified fragment sequencing):酶I酶切+barcode+酶II酶切+接头建库测序;
4) 2bRAD : IIB限制性酶单酶切,IIB型限制性内切酶能在识别位点的上游和下游位点分别切断,获得固定长度的片段。构成33–36 bp插入片段建库测序;
5) ddRAD(double-digest restriction-site-associated DNA):两个限制性酶酶切,接头分别与一种酶配套+切胶进行片段选择建库测序;
6) SBG(sequence-based genotyping):稀有酶和一个或两个常见酶酶切+PCR选择性扩增短片段序列建库测序;
7) MSG(multiplexed shotgun genotyp­ing):常见酶单酶切+片段选择建库测序;
8) GBS(genotyping by sequencing):常见酶单酶切+PCR选择性扩增短片段序列建库测序;
9) RRL(reduced representation library):平性末端酶酶切+片段选择建库测序;
10) original RAD(original restriction-site associat­ed-DNA):限制性酶单酶切+机械打断建库测序;
11) CRoPS(complexity reduction of polymorphic sequences):两个酶酶切+AFLP产物建库测序;