Anti-DNP抗体和DNP标记氨基酸的相互作用分析：
如果作为ligand的蛋白分子非常大（超过100kD），那么这些分子在标记的时候用于空间位阻的关系，会占据基质的多个结合位点，导致标记效率下降。为此，很多人用ligand和analyte分子量之比来衡量芯片或仪器的灵敏度。GLH芯片可以达到400倍的检测灵敏度，也就是说，即使ligand分子比analyte分子的分子量高400倍，也依然可以检测到相互作用。为此，我们设计了一个小分子抗体（约150 KD）和几个抗原之间的相互作用实验。每个实验的具体信息和反应曲线见下表和下图：
名称 | MW | ka (1/Ms) | kd (1/s) | KD (M) | Rmax (RU) |
DNP-glycine | 241 | 1.99×106 | 0.095 | 4.77×10-9 | 36 |
DNP-valine | 283 | 1.24×106 | 0.098 | 7.90×10-8 | 41 |
DNP-tryptophan | 370 | 7.14×105 | 0.251 | 3.52×10-7 | 75 |
上面的例子都是检测分子量仅有二、三百的小分子化合物，而抗体分子量很大。实验中抗体标记了18550RU，因此可以检测到分子量相差如此之大的analyte。
CAII蛋白的标记活性测定
在小分子化合物检测中，作为ligand的蛋白活性对于检测的灵敏度影响非常大。很多人在做SPR实验的时候往往都会忽视这个问题，因为许多实验都不像SPR对蛋白活性如此敏感。在上面两个实验中，如果蛋白活性丧失超过1/2，很难想象还如何检测到这么小分子量的化合物。可问题在于，氨基偶联几乎不可避免地会造成蛋白活性的降低，主要原因可能是部分蛋白的活性位点被芯片上的基质所覆盖。为此，我们又设计了一个实验，就是根据许多化合物和CAII相互作用的Rmax值，推算GLH芯片上有活力的蛋白信号，最后和标记时直观看到的标记信号做一个比较，就可以计算出蛋白标记后的活力占总蛋白的比例。
这个实验的方法是，把CAII蛋白标记在GLH芯片和一种传统基质的芯片上，分别测定一系列化合物反应的Rmax值，然后根据两个分子的分子量和结合比，推算出蛋白的活性。每一个实验测得的蛋白活性都不完全一样，对这些数据进行线性回归，可以得到活性的平均值。见下图：
上图中，我们可以看到，GLH芯片上蛋白活性较高，达到了85%，而传统芯片上蛋白活性只有46%，也就是说，一大半蛋白在标记的过程中丧失了活性。GLH芯片上的蛋白活性高，意味着能结合analyte的分子更多，产生的信号更高，灵敏度也就更高。
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