A群链球菌性咽炎：检测咽炎病人A群链球菌（GAS）的金标准是采用咽拭子标本进行培养，但培养需要24—48小时。目前所开发的快速抗原检测试剂（RADT）虽然可以进行快速检测，而且使用也较方便，但其灵敏度一般比培养低。许多专家建议当病人为儿童或青少年、或医生在他的实际工作中不能确定所使用的RADT的灵敏度是否和培养相同时，则应当采用咽拭子培养对所有RADT检测阴性的标本进行确定。
Gen-Probe公司生产的GASDirect试剂（表2）是目前唯一通过FDA认可的用于检测GAS的直接NAT试剂。它采用HPA方法测定GAS的rRNA序列。GASDirect的灵敏度约为90%、特异性≥98%，优于RADT试剂，与培养的灵敏度相似。GASDirect的检测时间为60分钟，每份标本的检测成本低于咽拭子培养，与RADT相同。因此，在GAS的检测方法中，GASDirect不失为一个有用的选择。
肺结核（TB）：目前美国胸科学会和CDC对TB的实验室检测要求是荧光抗酸染色（AFB涂片）和液体及固体培养基培养。涂片比较快捷但灵敏度较低；培养的灵敏度较高但需2到8周。Gen-Probe公司生产的AMPLIFIED结核分枝杆菌检测试剂（MTD、第一个由FDA批准的结核NAAT检测试剂）和Roche公司的AMPLICOR MTB试剂（表2）已被用于TB的诊断。不过这两种试剂被限定只能用于呼吸道标本的检测。它们可以用做TB的初期诊断，但不能用于监控治疗。
与培养或最终确诊结果相比，上述方法的灵敏度和特异性与培养相似，但这些商品化的NAAT试剂的检测时间只需一天，因此可以为医生提供快速诊断结果。FDA早期批准的NAAT试剂仅用于AFB涂片阳性的病人，而后来批准的MTD试剂可以用来对涂片阴性的可疑TB患者进行检测。MTD这一用途使其能够对标本中结核杆菌数量很少而难以采用涂片检查的病人进行快速检测。图1概述了CDC推荐的采用MTD检测结核分枝杆菌的使用原则。
图1. 用于可疑TB患者的MTD检测使用原则
第一份痰标本 → 培养 → 确定或否定TB诊断
↓ ↓
涂片 NAAT
↓ ↓
阳性 阳性 → MTB阳性
阳性 阴性 → 检查有无抑制作用 → 无 → 检测其它标本 → 涂片（+）MTD（–）→NTM
→ 有 → 采用MTD或其它NAAT检测其它标本
阴性 阳性 → 检测其它标本 → MTD（+）→ MTB阳性
阴性 阴性 → 检测其它标本 → 涂片（–）MTD（–）→ MTB阴性
注：NTM：非结核分枝杆菌。
阴道炎：与阴道炎有关的微生物包括阴道加特纳菌、阴道毛滴虫和念珠菌属。传统诊断阴道炎的方法为阴道标本培养和玻片镜检。培养虽然灵敏，但耗时、耗力，且成本较高；玻片镜检比较快捷，但对某些病原体的灵敏度较低（如检测念珠菌和滴虫的灵敏度≤55%），且检测结果的准确性常常依靠操作人员的经验。BD公司的Affirm VPIII检测试剂（表2）是一种NAT试剂，采用两个探针：一个是捕获探针，一个为检测探针。靶序列首先与固定在一个珠子上的捕获探针进行杂交，然后再与检测探针杂交。随后经洗涤去除未结合的标本和探针，将检测探针与检测酶结合。通过几次洗涤将多余的酶去除后再加入酶底物，结果呈蓝色，可通过肉眼观察。Affirm VPIII能检测上述三种病原体，与培养相比，其灵敏度分别为：念珠菌81%、加特纳菌89%、毛滴虫92%。
衣原体（CT）和淋球菌（GC）感染：检测CT和GC的实验室方法目前主要包括革兰染色、培养、非扩增NATs、NAATs、EIA和DFA。
1．非扩增NATs：Gen-Probe公司生产的检测CT、GC或联检DNA探针试剂（PACE 2 CT、PACE 2 GC或PACE 2C）已获得FDA的批准，可用来检测来自宫颈内、男性尿道和眼结膜（仅供CT）的标本。使用一份拭子标本，PACE2就可以对CT和GC进行联检（PACE 2C）或检测其中的一种。目前在美国PACE2系列已成为临床实验室最为常用的检测CT和GC的方法。PACE 2采用HPA方法测定rRNA，灵敏度和特异性与培养相似；PACE 2 GC的灵敏度与NAATs相似，但PACE 2 CT的灵敏度低于NAATs（表３）。
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