指示染料是做为电泳时迁移的可见标志。对于碱性缓冲系统，一般用溴酚蓝或酚红（通常每管加0.005毫升0.1%的染料溶液）。对于酸性缓冲液系统，一般用甲基绿或次甲基蓝。指示染料可直接加在玻璃中或上电极槽的缓冲液中，也可与样品液混合。
本实验样品液准备：取血清、F液、0.01%溴酚蓝指示剂各0.1ml，放入一干净的小试管中混匀，待用。此为样品液。
4．安装凝胶管
加样前可先把凝胶管从制胶架上拔出，用少量硼酸缓冲液轻轻冲洗凝胶管底部凝胶，洗去底部F液，再充满缓冲液（不得有气泡），然后把凝胶管逐一安装在电泳槽上槽的圆孔中（要防止漏水，否则上槽缓冲液会漏入下槽，这是不允许的。）并使凝胶管下端插入下槽的硼酸缓冲液中。
5．加样品液
将上槽充以缓冲液，缓冲液面应高于玻管上口12.5px以上。用微量注射器吸取前述准备好样品液15ml，缓缓加入各管凝胶表面，平铺一薄层。
6．电泳
检查装置无误后，连接直流稳压电源，负极在上，正极在下，打开电源开关，调节电流，开始时用1—2毫安/管，电泳1—2分钟，再逐渐升高电流到约3—5毫安/管，不要一开始就电流很高。电流最好不要超过3—5毫安/管，一般情况下，维护4毫安/管。太高的电流强度会造成产热量大。如果高温对样品不利，可降低电流，延长时间，或进行有效的冷却，缓冲液预冷至4℃，并在冷室进行电泳，或将凝胶管装有分离胶的一段完全浸没在下槽缓冲液中，利于散热。
电泳开始后，样品液应在5—10分钟内进入凝胶。指示染料进入缓慢，也是盐浓度（离子强度）太高的有力指示。
电泳过程中，一般要求电流保持稳定，这时可见电压升高。电泳时间与所用缓冲液和样品有关，一般可根据指示染料的迁移来决定，如指示染料已迁移到凝胶柱的下口附近，或已迁移管长的3/4距离时，就可停止电泳，关闭电源，倒出缓冲液后取出玻璃管。
缓冲液可再行使用，但应注意上下槽缓冲液不能混合或互换，因下槽中混入了催化剂及氯离子。如将下槽的缓冲液用于上槽，则影响电泳。
7．取出凝胶
用一长针头的注射器（针头长约10厘米），吸满水，将针头插入凝胶与管壁之间，慢慢旋转玻璃管，推针前进，同时注入水，靠水流压力和润滑作用将玻璃管内壁与凝胶分开，凝胶即可流出。一次不行，可由另一端同样操作即可。如凝胶浓度较高，取出困难，可用10%甘油水溶液代替水注入。一般剥胶方向是从浓缩胶端开始。剥胶时注意不要损伤凝胶柱表面。
8．固定
为防止凝胶柱内已分离成分的扩散，需要进行固定。只要把剥出的凝胶条浸泡在7%乙酸或12.5%三氯乙酸的水溶液中几分钟即可；或浸泡在用7%乙酸或12.5%三氯乙酸配制的染色液中，同时进行固定和染色。本实中的固定与染色同时进行。
9．染色：蛋白质的染色方法表15-3。
表15-3 蛋白质的染色法
方法 | 固定液 | 染液 | 染 色 时 间 | 脱色 |
氨基黑10B | 甲醇 | 0.1mol·L-1氢氧化钠中1%氨基黑 | 5分钟（室温） | 5%乙醇 |
考马斯亮蓝R250 | 2%磺基水杨酸 | 0.25%R250水溶液 | 5分钟（室温） | 7%乙酸
|
考马斯亮蓝G250 | 6%乙酸 | 6%乙酸中1%G250 | 10分钟（室温）30分钟（室温） | 甲醇-水-浓氨 |
1-苯胺基-8-萘磺酸 | 2mol·L-1盐酸浸几秒钟 | pH6.8,0.1mol·L-1磷酸盐缓冲液中0.003%染料 | 3分钟 |
本实用0.5%氨基黑10B的乙酸液（7%乙酸）染色2h。
10．脱色及保存
氨基黑染色后的凝胶用水冲洗掉表面染料，放在7%乙酸中浸洗，经常更换新溶液，直到染料不再洗出，背景几乎无色为止，约需2—3天。
脱色后的凝胶放在7%乙酸中，可以长期保存。
五、结果分析
用凝胶成像系统或光密度计扫描进行各电泳区带的定量分析
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