克雷伯氏菌主要寄生于人和动物的呼吸道或肠道中，在正常条件下极少危害人和畜禽，只有在特殊情况下才能引起人和畜禽发病，导致动物的肺炎、子宫炎、乳腺炎及其他化脓性炎症。特别是由肺炎克雷伯氏菌引起的肺炎，一旦发生就难以控制，死亡率高达50%以上。
近些年来由于感染因素的改变，人感染的菌谱也发生了较大变化。总的趋势是革兰氏染色阳性球菌的感染在逐渐减少。而由革兰氏染色阴性杆菌引起的感染在不断增加，特别是一些毒力较弱的机会致病菌增加幅度较大，其中克雷伯氏杆菌已上升到仅次于绿脓杆菌，居革兰氏染色阴性菌感染的第二位，可见其感染的严重性。克雷伯氏杆菌感染死亡率较高。人患克雷伯氏杆菌肺炎，较一般肺炎病情重，一般肺炎常用的首选药物青霉素无效。
临床表现不典型，可表现急性腹泻，也可迁延不愈、慢性腹泻。大便多呈稀水样便、黄绿粘便，未见脓血便，每日5-6次，严重者达10次以上，出现脱水及电解质紊乱，多见低钠血症。
幼儿若喂养不当，易引起腹泻，同时其机体免疫功能低下，易患呼吸道、肠道感染性疾病。若抗生素使用不当，使肠道菌群失调，继发腹泻或腹泻加重。
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