（2）PCR引物的设计
由于淋球菌隐蔽质粒CPPB基因在淋球菌染色体中和4.2kb隐蔽质粒中都有存在，同时在96%的淋球菌中都有该隐蔽质粒，因此很多PCR引物设计在CPPB基因区。
靶基因 引物序列 片段长度（bp）
CPPB NG1 5′GTT TGG CTG GTT GAT TCA AG 3′ 633
NG2 5′GCA AGA TTT CCG ATTT GGC G 3′
CPPB HO1 5′GCT ACG CAT ACC CGC GTT GC 3′ 390
HO2 5′CGA AGA CCT TCG AGC AGA CA 3′
rRNA 引物1 5′-AGG CTG TTG CCA ATA TCG GC-3′ 206
引物2 5′-ACA CTC GAG TCA CCC AGT TC-3′
CPPB GC1 5′CTT ATC GTT TGG CTG GTT GAT TC 3′ 435
GC2 5′ACC AAG ACC AAA GGT TTG ACA CTG 3′
GC3 5′ATT TTC CAG TGT CAA AC 3′ 241
GC4 5′TAT TCA AGC CCT ATC TG 3′
（3）PCR扩增
取淋球菌DNA提取液2μl，加入28μl的反应液中，最终PCR反应液中含dNTP各100μmol/L，引物各0.5μmol/L，TaqDNA聚合酶1U，Mg2+ 1.5mmol/L，加无菌石蜡油30μl，1000r/min离心30s，进行PCR扩增循环，反应条件：94℃变性1min，然后94℃ 30s，57℃1min，72℃1min。共30个循环，最后72℃延伸5min。
扩增产物于2%的琼脂糖凝胶电泳30min，溴化乙锭染色，紫外灯下可见扩增的DNA荧光条带，分子大小应与所用引物扩增靶序列的大小一致。
（4）PCR的灵敏性和特异性
由于CPPB在不含有隐蔽质粒的淋球菌染色体上也会含有CPPB基因，再加96%的淋球菌都会有隐蔽质粒，因此用CPPB作为靶序列的引物具有极高的敏灵性，实验证明，一般传统一步PCR（GC1-GC2）方法可以检出3个淋球菌，而用单管巢式PCR（GC2-GC4）可以检出≤0.3淋球菌（9个CPPB基因）。这些引物经特异性实验，只能扩增淋球菌的DNA，而对非淋球菌奈瑟氏菌扩增不出特异产物。
（5）单管巢式PCR方法
是在传统巢式PCR的基础上将两对PCR引物作特殊的设计，巢式外侧两个引物（GC1，GC2）为25b退火温度比较高（68℃），巢式内侧两个引物GC3-GC4为17b退火温度较低（46℃），PCR反应液的其它成分与一般PCR相同。这样，通过控制退火温度（68℃）使外侧引物先行扩增，经过20-30次循环后（第一次PCR），再降低退火温度（46℃）使内侧引物以第一次PCR产物为模板进行巢式扩增，该PCR的灵敏度可达到检出0.3个淋球菌。
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