荧光仪的种类，目前常用的叶绿素荧光仪有两种，脉冲调制式的和连续激发式的。脉冲调制式的可以在有环境光为背景的情况下使用，连续激发式的不可以。但是连续激发式的时间分辨率比脉冲调制式的高。脉冲调制式的叶绿素荧光仪通常用来测量淬灭分析，快速光曲线等。连续激发式的通常用来做快相分析。
暗适应，为了更好的对叶绿素荧光测量进行合理的解释，如何定义光合机构在测量开始时的状态非常重要。所以，在大多数实验中，无论脉冲调制式还是连续激发式叶绿素荧光仪，测量前一般需要首先进行暗适应。叶片的暗适应状态是光合机构的基本状态。暗适应的方式有很多种，整株植物置于暗室，单个叶片放入暗适应夹，夜间测量。暗适应的时间长短取决于我们希望从叶绿素荧光中得到什么信息。例如，大田作物叶片光合能力评价，暗适应时间一般只需要30分钟。而实验室内拟南芥叶片跨膜质子梯度ΔpH的测量则需要几个小时甚至更长。
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