安培检测器的测量原理本身也决定了它固有的局限性与不足。
第一，电化学检测器所使用的流动相必须具有导电性。安培检测器采用的流动相中必须有常用浓度范围为0.01mol/L-0.1mol/L 的电解质（如含盐的缓冲液）存在。流动相要有足够高的介电常数，使电解质充分解离。流动相在电极表面呈电化学惰性，工作电压下背景电流小。常用的反相液相色谱的极性溶剂或水溶液流动相和离子色谱的水溶液流动相大多适用于安培检测器。
第二，安培检测器对流动相的流速、温度、pH值等因素的变化比较敏感。
第三，测量还原电流时，流动相中痕量的氧也可能发生电解反应，引起干扰。
第四，由于电极表面可能会发生吸附、催化氧化还原等现象，因此都有一定的寿命。目前还没有一种通用和可靠的方法能使电极表面完全再生，需要经常清洗或更换。
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