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毛细管电泳柱中装载电解液运行时，由于管壁硅羟基的存在会产生电渗流，电渗流将推动整个毛细管柱内的溶液定向移动。与一般色谱技术的主要区别在于其分离原理不是基于组分在流动相和固定相中分配系数，而是在电场作用下离子迁移速度的不同。
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