1. 分子杂交仪的种类较多，根据实验的需求，可以分为6大类：
1) 用于大容量的分子杂交仪。
2) 用于 Southern或者 Northern技术点杂交的杂交仪。
3) 用于小容量的核酸杂交仪。
4) 微孔板原位杂交仪。
5) 载玻片原位杂交和平板杂交仪。
6) Western杂交仪。
2. 按自动化程度可将分子杂交仪分为三大类：
1) 普通分子杂交仪：普通分子杂交仪一般为封闭式恒温箱式结构，另加上振荡或旋转式可动机构，控制系统实现温度控制、转速等实验参数的控制和调整。
2) 半自动分子杂交仪：半自动分子杂交仪不仅能完成普通分子杂交仪在杂交过程中各种参数的控制，还能在人工干预下进行杂交后的其他实验步骤，如孵育、显色等。
3) 全自动分子杂交仪：全自动分子杂交仪目前主要应用于基因芯片产品，可以实现整个杂交过程的自动化，杂交过程中无需人工参与。基因组DNA与芯片上特异的DNA探针在特定温度条件下进行反应，经过杂交、洗膜、孵育、显色等步骤最终得到检测结果，整个过程都由全自动分子杂交仪自动完成。
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