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细胞污染的种类可分成细菌、酵母菌、霉菌、病毒和霉浆菌。
主要的污染原因为无菌操作技术不当、操作室环境不佳、污染之血清和污染之细胞等。严格之无菌操作技术、清洁的环境、与品质良好之细胞来源和培养基配制是减低污染之最好方法。