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蛋白质及肽段分离中常常采用反相离子对色谱，它是通过向流动相中加入两性离子来提高溶质分子的保留值。阴离子对试剂如三氟乙酸可与多肽的质子化氨基结合，而阳离子对试剂如三乙胺可与多肽的去质子化羧基结合。在体系中，主要由固定相疏水表面对配对离子的选择性吸附来决定溶质保留值，因此，洗脱液pH值及配对离子的种类、浓度对样品各成分的有效分离非常重要。
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