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毛细管柱明显好于填充柱，口径越细，效果越明显。由于毛细管柱内径极小，有效地解决了柱内扩散效应，使得锋形尖锐，分离度好。毛细管柱柱效高，分离性能好，可一次分离的组分多，柱容量小，通常情况要分流进样。毛细管色谱柱是填充色谱柱的升级产品，目前安捷伦公司已经停止填充色谱柱的生产。毛细管色谱柱在各方面的性能都比填充柱高出许多，但目前毛细管色谱柱也不能完全取代填充色谱柱，填充色谱柱也有它的优势。
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