DNA 分子中某个碱基的替换或核苷酸的插入、缺失及重排都可能引起遗传性疾病。
一般可以根据遗传性基因产物的改变来分析遗传疾病的发生,但对那些不能用蛋白产物进行分析的遗传疾病可用 DNA 杂交技术进行分析。对于那些基因点突变引起的限制性内切酶作用部位增加或消失,或因 DNA 顺序的增加、缺失或重排,使各位点之间的 DNA 长度发生改变而引起的遗传疾病可用 DNA 探针直接分析。
用 DNA 杂交技术已直接分析了动脉粥样硬化、糖尿病和生长激素缺陷等遗传病。目前化学合成的核苷酸探针也能进行点突变的直接分析,其原理是根据寡核苷酸链和给定的等位基因之间的一个碱基对的错配来鉴别基因型(这个等位基因在此条件下完全不能杂交)。这种方法已用于分析α1-抗胰蛋白酶缺陷、镰状细胞贫血。此外,人的性别鉴定和法医学上人的DNA 指纹分析,也广泛应用核酸探针诊断技术。