作为质谱电离源，快速原子轰击适用于分析高极性、热不稳定的化合物，尤其是肽和蛋白质。快速原子轰击-MS串联技术的应用提供了详细的样品分子结构信息，并已广泛应用于生物医学领域。在肽化合物中，快速原子轰击成功地分析了数千分子量的大分子，并给出了多肽中氨基酸的顺序和类型，还区分了多肽的异构体，如脑磷脂、人胃泌素、牛胰岛素、缓激肽、促肾上腺皮质激素等等。此外，快速原子轰击还可以检测极性抗生素，如新霉素、链霉素、庆大霉素、红霉素、土霉素等。在分析化合物的核苷酸及其磷酸盐时，快速原子轰击成功地分析了烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸（C21H29N7O17P3）和维生素B12（C63H88CoN14O14P）。
热不稳定的极性有机化合物是很难蒸发且容易分解的物质。快速原子轰击基于惰性原子的电离技术，为此类化合物的分析提供了有效的解决方案。与质谱联用，快速原子轰击在定量分析和结构分析方面取得了重大进展。随着质谱技术的不断发展，快速原子轰击的应用领域将进一步扩大。
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