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粪便中细菌极多,占干重的1/3,多属正常菌群。
健康婴幼儿粪便中主要有双歧杆菌、拟杆菌、肠杆菌、肠球菌、葡萄球菌等。
成人粪便中以大肠埃希菌、厌氧菌和肠球菌为主要菌群,约占80%;产气杆菌、变形杆菌、铜绿假单胞菌等多为过路菌,不超过10%。芽胞菌(如梭状菌属)和酵母菌,总量不超过10%。
粪便中菌量和菌谱平时处于相对稳定状态,并与宿主间保持着生态平衡。
粪便中球菌(革兰阳性菌)和杆菌(革兰阴性菌)的比例大致为1∶10。