根据各种蛋白酶活性部位的性质可分之为四大类：
1、丝氨酸蛋白酶
其活性中心除丝氨酸外还包括组氨酸和天冬氨酸残基，如胰脏所分泌的各种内肽酶和与凝血、溶血纤维、补体系统有关的各种蛋白酶。
2、巯基蛋白酶
其活性中心除半胱氨酸外还需有组氨酸残基参与，如植物来源的和细胞溶酶体内的某些组织蛋白酶。
3、天冬氨酸蛋白酶
它们的活性中心是由两个天冬氨酸残基所组成，如由胃膜分泌的胃蛋白酶、肾脏中的血管紧张素释放酶及细胞溶酶体中的某些组织蛋白酶等。
4、金属蛋白酶
其活性中心除金属离子外还需有其他氨基酸残基参与,如胰脏羧肽酶A的活性中心包括锌离子(Zn2+) 及谷氨酸、酪氨酸残基。多数外肽酶及某些细菌蛋白酶往往属于这一类。
各种蛋白酶除需有参与催化肽键水解的基团外，还需有一定的与底物相结合的部位，由于这些部位的不同，从而决定了各种蛋白酶的不同专一性。
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