用波带片作为聚光镜、显微波带片作为成像放大物镜、CCD 为探测器, 分辨力可达10 nm。将样品连上了制冷装置( 氦气)、转动机构，并使CCD 与计算机连接，则可做断层扫描(CT)，并从屏幕上直接观察CT 图。
水窗： 水窗是指从波长2.3 nm 至4.4 nm的一个波段范围。用此范围的X 射线入射于生物样品，水中含有的氧对它们的吸收很小( 40%)，而有机体中的碳对它们的吸收却很高( > 60%)，可以认为水对此波段的光是透明的，使水和氧间的衬度很高。故用此波段的光来观察含水生物样品，可避开氧吸收的干扰，清楚看到主要由碳构成的有机分子的构造。
透射式X 射线显微镜既可利用吸收衬度成像也可用相位衬度成像。这两类仪器在构造上略有差别，相衬显微镜的聚光器不是单一的波带片，而是由环状孔径、波带片和针孔构成。环状孔径将入射光限制为一个环，波带片将其单色化并聚焦在位于针孔中的试样上，从试样出射的光经显微波带片和位于其背焦面附近的环状相位板( 添加位相) 而成像在探测器上。
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