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蛋白质首先在薄条凝胶中通过等电聚焦分离。然后将凝胶水平放置在第二个平板状凝胶上,通过SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳分离蛋白质。水平分离反映了pI的差异;垂直分离反映了分子量的差异。因此,原始的蛋白质组成在两个维度上扩散。使用双向电泳技术可以分解数千种细胞蛋白质。可以从凝胶中切取出单个蛋白质点,并通过质谱进行鉴定。