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毛细管电泳的缺点是:
(1) 由于进样量少,因而制备能力差;
(2) 由于毛细管直径小,使光路太短,用一些检测方法(如紫外吸收光谱法)时,灵敏度较低;
(3)电渗会因样品组成而变化,进而影响分离重现性。