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本病临床表现、脑脊液常规影像学特点等与结核性脑膜炎极为相似,两者鉴别需依靠病原学证据。另外,还应与病毒性脑炎、脑脓肿、颅内肿瘤、脑猪囊尾蚴病(囊虫病)等相鉴别。其他脑部真菌病还有曲菌病和毛真菌病也应注意鉴别。