国内20世纪80年代以来的文献报道肺囊肿的误诊率为36.6%～91.2%，平均47.7%，因此鉴别诊断非常重要。多发性肺囊肿需与隔离肺、先天性腺瘤样畸形、肺猪囊尾蚴病、慢性脂性肉芽肿性肺炎鉴别；单发囊肿需与肺脓肿、结核空洞、癌性空洞及良性肿瘤鉴别大泡性囊肿需与先天大叶性肺气肿、气胸鉴别。纵隔囊肿易误诊为纵隔淋巴结结核、畸胎瘤及各种纵隔肿物等鶒。
1.肺炎后肺大疱 属后天性肺囊肿鶒，多见于金黄色葡萄球菌等肺炎后，其特点为空腔大小及形状短期内多变其出现及消失均较迅速，与先天性肺囊肿长期存在截然不同。
2.肺脓肿 症状与肺囊肿继发感染者相同但X线表现不同处为肺脓肿壁较厚，周围肺组织多有浸润和纤维性变。
3.肺内良性肿物 如肺结核球、假性炎症性肿瘤、肺包虫病、肺吸虫病、肺动静脉瘘等皆可在肺部出现球形病灶，应与孤立性液性肺囊肿鉴别。
4.大叶性肺气肿 见于新生儿期，多以急性呼吸窘迫起病鶒但亦可起病缓慢于生后2～3个月以后症状明显，和巨大张力性含气囊肿不易区分，二者均需手术切除。
5.肺成熟障碍综合征(pulmonarydysmaturitysyndrome，又称Wilson-Mikitysyndrome) 见于早产儿鶒，可于生后1～2周逐渐起病，呈进行性呼吸困难及肺功能不全，X线见两肺弥漫囊状影像，与多发性肺囊肿之环形空腔多局限于一叶不同。存活者X线变化可于4个月～2年恢复正常。
6.先天性囊性腺瘤样畸形 与多发性肺囊肿鉴别困难，二者均需手术切除治疗。
7.气胸 如果肺囊肿有通道与支气管沟通，此通道因不完全阻塞产生活瓣作用致空气仅入而不出，可形成巨大张力性含气囊肿，可占据一侧胸腔并将纵隔推向对侧，此时须与气胸鉴别。其主要区别是气胸为空气在胸膜腔，肺组织被推向肺门，而肺囊肿的含气是在肺实质内肺尖、肺底和肋膈角仍可有含气或萎陷的肺组织。
8.横膈疝 可似多发性含气肺囊肿，亦是位于一侧，症状相似胃肠钡造影可资鉴别。
9.支气管扩张 常位于双下叶、左上叶舌段及右中叶必要时可灌注碘油作支气管造影检查进行鉴别。
10.支气管囊肿 多位于后及中纵隔，但偶可位于肺实质内，呈多房性，含空气、液体或二者皆有健康搜索，此时仅手术后病理检查才可与肺囊肿鉴别。
11.张力性气胸 生后不久即出现严重的胸内压迫症状表现为呼吸困难.发绀，患侧胸部叩诊呈鼓音或高清音听诊呼吸音减低，纵隔和心脏向健侧移位，临床上很似张力性气胸主要为囊腔与支气管相通，形成张力性气囊肿有关。
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