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1.内分泌系统疾病
腺垂体功能低下、尿崩症、甲状腺、肾上腺、性腺功能低下等病均有其典型的临床和生化改变，可定位，而下丘脑综合征出现的内分泌代谢障碍多伴有多个系统的损害，不能用单一靶器官或单一垂体损害来解释。
2.神经衰弱综合征
可出现全身多个系统受损的表现，但查体、实验室检查及特殊检查往往无阳性发现。
3.与颅内肿瘤，炎症等原发病鉴别
上述疾病可出现相应的症状和体征，但如果在此基础上出现一系列内分泌代谢系统的改变或出现摄食、体温、睡眠障碍，难以用原发病解释，应考虑到下丘脑综合征的诊断。
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