动物源凝乳酶：凝乳酶最早来源于小牛的第四胃黏膜，随后在其他动物的胃中提取了凝乳酶。但是由于动物来源的凝乳酶来源不稳定，同时出于对种族、信仰等方面的考虑，研究者已将研究方向转为微生物和植物来源的凝乳酶。
植物源凝乳酶：许多植物中含有能使乳凝固的蛋白酶来源非常广泛。目前研究较多的有如下几种，包括木瓜蛋白酶、无花果蛋白酶、菠萝蛋白酶、生姜蛋白酶、合欢蛋白酶、朝鲜蓟蛋白酶等。
微生物源凝乳酶：微生物因其具有生长周期短，产量高，受时间、空间限制小，生产成本低，提取方便，经济效益高等优点，是目前凝乳酶来源最有前途的发展方向。目前已发现有40余种微生物可生产一定活力的凝乳酶，主要是真菌、放线菌、细菌等 。
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