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按残存肠道的解剖结构，短肠综合征可大致分为三类。第一类患者广泛小肠切除后行小肠吻合，保留完整的结肠，通常情况下，保留部分回肠；第二类患者行广泛小肠切除及部分结肠切除，小肠结肠吻合；第三类患者广泛小肠切除后行高位空肠造口。第一类患者预后最好，有很强的代偿性。第二类在临床上最多见。第三类患者会出现高流量的肠液丢失，处理上最难且最具挑战性。
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