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组织学上，肾小球表现多样，可从正常至完全损坏.小管可能消失或萎缩，小管腔直径各异，可显示明显的扩张伴均一性管型，产生如甲状腺样外观.间质中含不同程度的炎性细胞和纤维化，无瘢痕区表现近似正常.
各种类型的慢性小管间质性肾炎存在一些共同的临床表现.肾脏疾病的症状一般缺乏，水肿通常不存在，蛋白尿是微量的，血尿不常见，血压正常或在早期仅轻度升高.当存在重度蛋白尿或明显血尿时提示合并有肾小球疾病.小管功能障碍征象与急性小管间质性肾炎相似.5%~10%慢性肾衰（CRF）病例是由小管间质性肾炎引起的.
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