1、厌氧菌的分离与鉴定
厌氧菌的常规鉴定包括菌落形态、溶血性、色素产生、经紫外线照射有无荧光现象、菌落涂片、染色和镜检、生化反应、动力、毒力试验等；其中糖发酵试验为基本的生化反应，常规采用试管法，培养基用量大、需时长，目前已发展微量、快速、商品化的鉴定系统。
2、气相色谱分析
主要包括细菌代谢产物和细胞成分的分析。
（1）厌氧菌代谢产物的气相色谱分析 厌氧菌的特点之一为代谢过程中产生各种挥发性和非挥发性短链脂肪酸以及醇类产物，不同菌属与菌种所产生的脂肪酸、醇的种类和数量不同，因此可用气相色谱分析鉴定。
（2）厌氧细胞成分的气相色谱分析 将细菌细胞皂化释出脂肪酸，加入甲醇甲基化后进行气相色谱分析，鉴定结果客观，重复性好。
3、免疫学检查及其他
荧光抗体技术（包括直接和间接）能成功地识别各种厌氧菌（如类杆菌、梭菌、梭形杆菌、短棒菌苗等），临床厌氧菌感染中，致病菌以脆弱类杆菌最为常见。
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