囊尾蚴病的临床表现和病理变化为囊尾蚴寄生部位、数目、死活及局部组织的反应程度而不同。寄生在中枢神经系统的囊尾蚴以大脑皮质维多，是临床上癫痫发作的病理基础。寄生于第四脑室或侧老室带蒂的囊尾蚴结节可致脑室活瓣性阻塞，引起脑积水。寄生于软脑膜可引起蛛网膜炎。寄生于颅底的葡萄状脑为有容易引起囊尾蚴性脑膜炎，炎症性脑膜粘连造成第四脑室正中孔与侧孔阻塞，发生脑积水，亦可产生交通性老积水。颅内大量囊尾蚴寄生或脑积水，均引起颅内压增高。囊尾蚴裂解后释放的产物可导致明显的炎症反应，引起局部组织性水肿，炎症细胞浸润，研究发现TNF等参与了发病过程。 颅内有囊尾蚴寄生，破坏了脑组织防御功能的完整性，而乙脑型脑炎易感。尸检发现约1/3的乙型脑炎病例并发脑囊尾蚴病，而其他疾病尸检并发脑囊尾蚴病者仅0.04%—0.46%。位于皮下肌肉的囊尾蚴，在局部形成囊尾蚴结节，位于眼部的囊尾蚴常寄生在玻璃体，引起相应症状，而寄生在视网膜者常为视网膜剥离的原因。
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