本病早期易与疟疾、伤寒、斑疹伤寒及钩端螺旋体病等相混淆，应注意予以鉴别。
1.疟疾 本病多见于夏、秋蚊虫孳生季节，畏冷发热及出汗等症状呈周期性出现，患者于间歇期多无何症状，脾大但无皮疹，白细胞偏低，末梢血片或骨髓涂片中可找到疟原虫。
2.伤寒 起病缓慢，体温逐渐上升，病程持续约4周，体温下降也较缓慢。患者常有相对缓脉，血清肥达氏反应呈阳性，并可自血、尿、便中分离出伤寒杆菌。
3.斑疹伤寒发病季节与回归热相同，二者甚至可同时发生于同一患者，且发病均急，均有剧烈头痛及肝、脾肿大，但斑疹伤寒患者皮疹较多且为出血性，病程较长，血清外斐氏反应为阳性。
4.钩端螺旋体病本病多见于夏、秋季节，患者黄疸较重，出血倾向明显，并常有腓肠肌疼痛与压痛，血清钩端螺旋体补体结合试验为阳性，并可自血、尿或脑脊液中分离出病原体。
此外蜱传回归热患者呼吸道症状较明显，尚应注意与流行性感冒及肺炎等呼吸道急性传染病相鉴别。
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