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激光共聚焦显微镜成像时使用的是短波长激光激发目标（细胞、组织、荧光分子等）而发射出的荧光波长长于激发激光。这种显像现称为斯托克斯位移（因斯托克斯在1852年首次观察到而得名），即发射荧光较相应的激发光有明显的光谱红移。由于斯托克斯位移的产生，荧光发射波长总是大于激发光波长。
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