肺炎衣原体不能体外培养，只能在细胞内寄生，鸡胚对其不敏感，因此一般不用鸡胚传代，而用细胞培养传代，肺炎衣原体敏感的细胞株为HEP-2或H-292，离心能促进肺炎衣原体对细胞的感染，但在第一代细胞内很少能形成包涵体。肺炎衣原体包涵体不含糖原，碘染色阴性，在Hela细胞中的形态与鹦鹉热衣原体十分相似，姬姆萨染色后呈深密度卵圆形，在HEP-2细胞中的包涵体，其密度和形态均多样化，有致密的、桂花样散在的、伸出胞外出瘤状的、圆形、胞内着色较少的包涵体。CPn的抵抗力较弱，对室温或冰冻敏感。
Cpn无运动力，能独立进行有限的代谢活动；染色体有DNA和RNA两种核酸，只能在细胞内复制、繁殖，发育周期分为原体（elementarybody，EB）和始体（initialbody），也称为网状体（reticulatebody，RB）两阶段。原体平均直径为0.38nm，在电镜下呈梨形，并有清晰的周浆间隙，原体中无质粒DNA。Giemsa染色呈紫色，Macchiavello染色呈红色。原体具有高度感染性，在宿主细胞外较为稳定，无繁殖能力。当进入宿主易感细胞后，细胞膜围于原体外形成空泡。原体在空泡中逐渐发育、增大成为始体。
始体呈圆形或椭圆形，体大，直径0.5～1nm，电子致密度较低，无胞壁，代谢活泼，以二分裂方式繁殖，在空泡内发育成许多子代原体。最后，成熟的子代原体从破坏的感染细胞中释出；再感染新的易感细胞，开始新的发育周期。每个发育周期约为48h、72h。始体是衣原体发育周期中的繁殖型，不具感染性。Macchiavello染色呈蓝色。
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