1.肛门/直肠镜
采用医用视频摄像技术，在检查过程中可同时清晰地观察到放大数百倍的病灶部位，也可以对肛肠内部深层病灶部位进行图像采集，实时诊断，避免因传统人为检查带来不足而造成病情延误。同时可将病灶锁定后打印成像，为治疗前后进行比较提供可靠依据。
2.肿瘤标志物检测
肿瘤标志物例如CEA对诊断肝转移和监测肿瘤复发有帮助；鳞状细胞癌抗原的表达在肛管癌有较高的敏感性和特异性，但与肿瘤分期无关。
3.活检
任何肛管和肛门周围的可疑病变均要活检，发现腹股沟可疑淋巴结也要行活检，组织学检查还可区分肛管鳞癌与腺癌，对于部分感觉明显疼痛的患者，需要在麻醉下进行；对于肿大的腹股沟淋巴结也可行细针穿刺活检术；对于高度怀疑的病变，如果穿刺结果阴性，应行外科手术活检。
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