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用单克隆抗体作分子探针，用荧光标记抗体，与血液或骨髓标本反应后制成一定浓度的细胞悬液并放入流式细胞仪的样品管中。细胞在气体压力下进入流动室，在鞘液的约束下，细胞排成单列从流动室的喷嘴高速喷出成为细胞液柱。细胞液柱与入射激光束垂直相交，产生光反射并发出荧光，被光电二极管等接收变为电信号，存储在计算机中，进行显示、分析、统计运算。可获得骨髓、血细胞的一系列重要的物理特征、生化及免疫学特征和功能状态等参数。
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