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泛素结合酶E2可以被进一步分为四个类:有些仅仅有UBC结构域组成E2为第Ⅰ类,他们需要E3来进行底物识别;
除了核心结构域之外,C末端具有延伸部分的属于第Ⅱ类;N末端具有延伸部分的属于第Ⅲ类;C末端和N末端都有延伸区域的归为第Ⅳ类。