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分子识别的过程实际上是分子在特定的条件下通过分子间作用力的协同作用达到相互结合的过程。
这其实也揭示了分子识别原理中的三个重要的组成部分，“特定的条件”即是指分子要依靠预组织达到互补的状态，“分子间相互作用力”即是指存在于分子之间非共价相互作用，而“协同作用”则是强调了分子需要依靠大环效应或者螯合效应使得各种相互作用之间产生一致的效果。
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