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任何DNA序列,只要知道它在基因组中的位置,都能被用作STS标签。作为基因组中的单拷贝序列,是新一代的遗传标记系统,其数目多,覆盖密度较大,达到平均每1kb一个STS或更密集。
这种序列在染色体上只出现一次,其位置和碱基顺序都是已知的。在PCR反应中可以检测出STS来,STS适宜于作为人类基因组的一种地标,据此可以判定DNA的方向和特定序列的相对位置。