是序列分析的基础·然而，对于构成基因家族的成组的序列来说，我们要建立多个序列之间的关系，这样才能揭示整个基因家族的特征·多序列比对在阐明一组相关序列的重要生物学模式方面起着相当重要的作用。
多序列比对有时用来区分一组序列之间的差异,但其主要用于描述一组序列之间的相似性关系,以便对一个基因家族的特征有一个简明扼要的了解.与双序列比对一样,多序列比对的方法建立在某个数学或生物学模型之上。因此,正如我们不能对双序列比对的结果得出"正确或错误"的简单结论一样,多序列比对的结果也没有绝对正确和绝对错误之分,而只能认为所使用的模型在多大程度上反映了序列之间的相似性关系以及它们的生物学特征。.
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