本病常易误诊为肺炎、胸膜炎、肺水肿、肺不张等，应与之鉴别。
肺炎患者先发烧，全身中毒症状明显，体温、脉搏、呼吸同步上升，胸痛轻，铁锈色痰持续时间短，治疗后吸收快，无急性肺心病，无肺门截断征，与肺梗塞不同。胸膜炎肺内无锥形实变、无咳血症状。肺水肿多为双侧，无剧烈胸痛，无肺门截断及锥形实变，治疗后吸收快， 与肺梗塞不同。
由于肺梗塞大都发生在患有心肺疾患的病人中，所以如在胸片上同时见有肺心病、肺淤血以及肺水肿等征象时，则应考虑肺部实变为肺梗塞的可能。在无心肺疾病的病人中，肺梗塞可引起肺出血而不产生肺梗塞，此时肺出血的X线表现不易与肺梗塞区别。当心肺无其他明显改变可提示肺出血可能性大。单纯肺出血可于7-10天或更短时间内完全消失，并无残留痕迹，肺梗塞的消退较为缓慢，平均需要20天左右，可长达5周，大多数病例可残留纤维瘢痕的索条状阴影。
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