Ⅱ型的光镜改变比Ⅰ型变化更多，不只是膜增殖的改变，这使一些肾脏病理学家认为称之为致密物沉积病比Ⅱ型系膜毛细血管性肾小球肾炎更准确。1995年WH0将其分类为继发性代谢性疾病中。在组织学上，表现为肾小球系膜细胞和基质增生，增生明显时，可以形成明显的分叶结构以及毛细血管壁增厚。有些毛细血管因系膜间位，使毛细血管壁呈双轨状。这些典型的膜增殖性改变与Ⅰ型相似，但是部分有明显的毛细血管壁增厚，细胞增生呈灶状或者不伴有细胞增生，还有部分仅有细胞呈灶状或者弥漫增生，但没有毛细血管壁的明显增厚。系膜改变的程度有很大的个体差异性，系膜细胞和基质的增加可以很轻微也可以很严重。用Masson三色染色在系膜区常可见有圆形嗜伊红沉积物，有些可有上皮下“驼峰”状沉积物。毛细血管腔内中性白细胞数常增加，少数有新月体形成，间质可有白细胞浸润和纤维化。因此，Ⅱ型的光镜改变可以与其他肾炎类似，需要结合电镜和免疫荧光的结果才能准确判断。有个别报告此型患者不伴有系膜增生性改变，因而与Ⅰ型不同。
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