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凡免疫功能低下或缺陷的病人以及长期接受免疫抑制药物治疗的病人,如病程中出现原发疾病无法解释的发热、干咳、进行性呼吸困难而肺部X线检查符合间质性肺炎改变时,应高度怀疑本病,确诊依靠病原学检查如痰液或BALF/肺组织活检等发现卡氏肺孢子虫的包囊或滋养体。对于临床高度怀疑本病而未找到病原学证据时可以进行试验性治疗。