胃癌
消化性溃疡与胃癌、胃良注与恶性溃疡的鉴别，其重要性自不言而喻，但两者的鉴别有时比较困难。为避免将胃癌和恶性溃疡误诊为良注溃疡，以防延误手术时机，对于临床表现不典型，年龄在45岁以上、胃酸偏低者、特别是男性、即使X线钡餐和(或)内镜检查尚未能证实为胃癌时，亦应在内科积极治疗下定期作内镜观察随访，直至溃疡愈合；良性与恶性胃溃疡临床表现、X线和内镜检查曾显示有间变者，溃疡即使已经愈合，也仍应定期随访、密切观察。
十二指肠炎
由于内镜的广泛应用，十二指肠炎的临床诊断逐渐增多，虽然至今不能肯定本病是否可发展为十二指肠溃疡，但两者的临床表现和X线征象十分相似。其鉴别诊断主要依靠十二指肠内镜检查。
慢性胃炎
本病亦有慢性上腹不适或疼痛，部分可有近似消化性溃疡的症状，但周期性与节律性一般不明显。胃液分析胃酸不高，萎缩性胃炎的胃酸偏低或缺如；如发现胃酸缺乏，则可排除消化性溃疡。胃镜检查是两者鉴别的主要方法，可见胃炎的特征。
胃下垂
本病多见于瘦长无力体型者，可同时有肾、肝等内脏下垂。严重者可因肠系膜上动脉牵拉压迫十二指肠横部而引起十二指肠壅积症，并加重消化不良症状。所有症状如上腹不适、饱胀、沉坠感、甚至隐痛等在直立时加重，平卧时减轻。X线钡餐检查无溃疡的X线征象，而显示胃小弯最低点在髂嵴连线以下，胃呈无张力型是诊断本病的依据。
胃神经官能症
本病是上腹不适的常见原因，有时临床表现酷似消化性溃疡，但常伴有明显的全身神经官能症症状，情绪波动与发病有密切关系。胃肠X线钡餐和胃、十二指肠内镜检查肿胜。在部分病人这些症状可能是消化性溃疡早期的表现。故对症状顽固者应考虑反复作以上检查。
胆囊炎
和胆石病：两者多见于女性，每有周期性上腹痛，常与进食油腻食物有关，但疼痛多位于右上腹，常放射至右肩肿区，可有胆绞痛、发热、黄疽、Murphy征阳性，胆道X线造影阳性而胃肠X线钡餐检查未发现溃疡征，B超显像和CT检查常可发现胆道结石征象。
肠钩虫病
本病有类似十二指肠溃疡的临床表现，在流行区对只有消化性溃疡临床表现而缺乏X线直接征象的患者，宜作粪便检查，如发现钩虫卵应进行驱虫治疗。除虫后症状可缓解或消失，如症状仍持续者再认真考虑消化性溃疡。
胃泌素瘤
亦称Zollinger-Ellison综合征，有顽固性多发性或异位性消化性溃疡。一般胃次全切除术治疗后极易复发，不少患者有 腹泻 或脂泻，患者有非β胰岛细胞瘤存在或胃窦G细胞增生，胃液和胃酸分泌显著增多。
PAO>60mEq/小时、BAO/PAO>60%和血清胃泌素浓度超出正常可提示本病。
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