1.粪便常规
将粪便涂片镜检，若发现革兰阳性杆菌及其芽胞将对临床判断很有帮助。随后可进行分阶段细菌培养，检查有无大量革兰阳性菌。粪便在显微镜下见脓细胞和白细胞增多，隐血试验呈阳性。
如有条件，可用双酶梭状芽胞杆菌抗霉素中和法测定粪便中有无难辨梭状芽胞杆菌霉素的存在。不含细胞的粪便滤液在组织培养中产生的细胞霉素作用可由抗霉素来中和，可用以帮助确定诊断。
2.细菌学检查
90%的病例在发病时粪便中可培养到难辨梭状芽胞杆菌。
3.细胞毒素的毒性实验
稀释的大便或细菌培养滤液，对组织培养细胞（HELA）有特异性的细胞病理效应，这种效应可被污泥梭状芽胞杆菌的抗毒素中和，从而证实难辨芽胞杆菌为产毒菌株。
4.毒素A的检测
可以用对流免疫电泳、酶联免疫吸附实验、乳胶凝集实验、单克隆抗体方法等检查毒素A。
5.其他辅助检查
（1）结肠镜检 假膜性肠炎同时侵犯结肠，尤其是乙状结肠可借助结肠镜进行检查。典型的表现为黏膜发红水肿，上面有斑块或融合的假膜，活检可见黏膜有急性炎症，假膜内含有坏死上皮、纤维蛋白、炎性细菌等。应用纤维结肠镜检查时要掌握病程进展的阶段，肠炎尚未形成假膜或局部的假膜已经脱落时镜下未必能发现假膜，所以不一定以假膜为惟一的诊断根据，未见假膜并不一定能排除本病。假膜性肠炎病变可以呈跳跃式分布，为了防止遗漏小的病变，要求镜检的范围必须包括全结肠，在有代表性部位采取病变组织，采取活检时要有一定的深度。
（2）腹部X线平片 常有肠黏膜增厚、小肠胀气，部分肠麻痹患者表现为肠梗阻。钡灌肠可能发现肠管边呈毛刷状、指压迹症和散在的圆形、不规则形充盈缺损。气钡双重造影可提供更多的诊断指标，但必须小心操作防止肠穿孔的发生。
（3）超声诊断 超声能发现局部肠壁假膜、黏膜及黏膜下水肿导致的重度增厚、肠腔变窄或消失，仔细探查可于右下腹发现似肠结核或肿瘤的假肾征。条件好的超声诊断仪还能更准确地分辨病变相关的层次。除此之外，超声诊断能发现疾病伴发的腹水等。
（4）CT检查CT的表现不具有特异性，偶可发现低衰减的增厚的肠壁。
（5）血液生化检查可见电解质紊乱，常有低钾、低钠及低蛋白血症。血清白蛋白要低于3%，白细胞计数可高达20×109/L以上，且以中性细胞为主。
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