有一类假基因除了一般的特征之外，还有一些其他的特征暗示着它们的形成与mRNA有关：
①在假基因中完全缺少在相应的正常基因中存在的内含子顺序；
②在假基因的3'末端有一段连贯的脱氧腺嘌呤核苷酸；
③有些假基因与相应的正常基因在顺序组成上的相似性只限于相应的mRNA的3'末端之前的部分序列
所有这些特征都酷似具有内含子的正常基因的转录产物经加工后形成的mRNA。据此推测这种假基因的DNA顺序可能不是来自正常基因的直接复制品，而是以mRNA为中介的正常基因的间接复制品，所以又称为加工基因。例如编码人的免疫球蛋白的轻链、β微管蛋白、小鼠的珠蛋白以及大鼠的微管蛋白基因的假基因都是加工基因。加工基因可能是在真核生物细胞中的mRNA先经反向转录形成DNA，再整合到染色体上而形成的。已知致癌的RNA病毒具备这种机制，然而假基因形成的真正机制仍然是一个正在研究中的课题。
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