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病毒性心肌炎的诊断在无病毒学诊断依据时，主要依靠综合临床资料，缺乏特异诊断方法。故必须认真观察排除其他心脏疾病。在婴儿期尚须与毛细支气管炎或支气管肺炎区别。此类患儿呼吸困难，心动过速明显，但心力衰竭的体征不著，心界不大，肝脏增大不明显，而且边缘不钝。在儿童期应与急性肾炎合并心力衰竭鉴别，后者常有高血压、蛋白质及血尿，较易诊断。若以频发早搏为主要表现，则尖与功能性早搏鉴别。表现为心动过速及非特异性ST-T改变者，应除β受体功能亢进。此外，心肌炎所致的心源性休克应与感染性休克或外科性休克进行鉴别。
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